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芽孢桿菌（Bacillus），細菌的一科，能形成芽孢（內生孢子）的桿菌或球菌。包括芽孢桿菌屬、芽孢乳桿菌屬、梭菌屬、脫硫腸狀菌屬和芽孢八疊球菌屬等。它們對外界有害因子抵抗力強，分布廣，存在于土壤、水、空氣以及動物腸道等處。芽孢桿菌（bacillus）桿菌科的一屬細菌。

絕大多數是一個菌體僅形成一個芽孢，芽孢位于菌體內，為革蘭氏陽性菌。內含DNA、RNA、可能與 DNA相聯系的特異芽孢蛋白質以及合成蛋白質和產生能量的系統。此外，還有大量的吡啶二羧酸鈣布滿整個芽孢。皮層處于核心和芽孢殼之間，含有豐富的肽聚糖。芽孢殼主要由蛋白質組成,此外,還有少量的碳水化合物和類脂類，可能還有大量的磷。最外層是外壁，其主要成分是蛋白質、一定量的葡萄糖和類脂。由于芽孢具有厚而含水量低的多層結構，所以折光性強、對染料不易著色，芽孢對熱、干燥、輻射、化學消毒劑和其他理化因素有較強的抵抗力，這可能與芽孢獨具的高含量吡啶二羧酸有關。

芽孢桿菌屬于益生菌，被研制出各種形式的飼料級微生態制劑，應用于畜牧生產中。芽孢桿菌制劑作為一種新型綠色添加劑，動物攝入后，在胃腸道特定部位黏附、定植及生長，在一定程度上對病原微生物起到抑制作用，促進胃腸道微生態平衡，從而有利于動物健康生長。

芽孢桿菌以內生的芽孢形式存在，是一類處于休眠狀態且健壯的活細胞，抗酸堿能力強，耐高溫高壓，儲藏時間久，所以無論在粉料還是顆粒飼料中都比較穩定。

芽孢桿菌是一個泛泛的概念，而科學研究中應用最多的當屬枯草芽孢桿菌，例如 168 菌株及其大量的衍生菌株。枯草桿菌的研究之所以領先于其他芽孢桿菌的種，主要是由于他的轉化、轉導方法較完善，以及大量的衍生菌株。

據國內外統計，目前應用最多的芽孢桿菌屬菌種有枯草芽孢桿菌、嗜堿芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌、蠟樣芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、短小芽孢桿菌、球形芽孢桿菌、嗜熱脂肪芽孢桿菌、蘇云金芽孢桿菌和耐堿的芽孢桿菌以及病原菌炭疽芽孢桿菌等 12 種。

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