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植物蛋白來源廣泛、供應穩定，價格遠遠低于動物蛋白和魚粉，是良好魚粉替代物。但由于其中抗營養因子的存在和氨基酸不平衡等因素，使得養殖對象的生理功能、肉質組分及生長率都會或多或少的受到影響。

研究發現，攝食含玉米蛋白粉飼料的虹鱒會造成肌肉中葉黃素的積累；植物蛋白替代魚粉使虹鱒和真鯛后腸中蛋白酶的活性明顯降低；以雙低菜籽粕替代魚粉顯著降低花鱸胃蛋白酶、肝蛋白酶和脂肪酶的活力；植物蛋白替代魚粉會降低花鱸肝中轉氨酶的活性，導致魚體對蛋白的代謝活力下降;以植物蛋白為基礎的飼料飼喂養殖對象(金頭鯛及虹鱒魚)會影響其腸道組織結構的完整性，造成小腸絨毛長度縮短，引起固有層和上皮層大量分離，并引發類腸炎等癥狀；添加菜粕會引起少量肝細胞出現空泡變性和核偏移，當投喂量超過 45%時，大量肝細胞出現空泡變性和明顯的核偏移，肝組織結構受損程度加深。

另外，植物蛋白替代魚粉一般具有氨基酸不平衡，適口性差等缺陷，如一種或多種氨基酸( 尤其是蛋氨酸與賴氨酸) ，或者功能性營養成分( 膽固醇、?；撬帷⒛懼岬? 的缺乏。針對植物蛋白氨基酸不均衡的情況，可利用植物蛋白間氨基酸的互補性，如豆粕中蛋氨酸是第一限制性氨基酸，而玉米蛋白粉中蛋氨酸含量較高而賴氨酸卻嚴重缺乏，因而可通過不同植物蛋白或部分動物蛋白間的合理配比平衡飼料中的氨基酸組成制備混合蛋白替代魚粉，以提高植物蛋白的替代率與利用率。加熱及擠壓膨化能減少植物蛋白自身一些豆腥味和苦澀味等，改善它的適口性且使淀粉熟化和糊化，蛋白質次級鏈變短，抗原物質被更好的破壞，更利于消化吸收。

（2）化學方法處理: 有機溶劑萃取、分離蛋白和濃縮蛋白。一般用有機溶劑( 甲醇、乙醇和異丙醇等)將易溶于有機溶劑的抗營養因子去除。分離蛋白( 在等電點條件下沉淀后分離的蛋白) 和濃縮蛋白( 經有機溶劑萃取后所得到的蛋白) 只能部分清除抗營養因子，由于還殘存相當一部分的抗營養因子及適口性的問題，致使其適宜替代量不是很高。

盡管植物性蛋白替代魚粉的研究已經有了更多的方案，但是從目前的研究進展來看，還需要在以下幾方面進行深入研究:了解不同的水產動物對晶體氨基酸的吸收消化與排泄的機制使得晶體氨基酸能夠更加合理的添加到飼料中，進一步提高魚粉的替代量; 通過抗營養因子對水產動物的作用機制的研究，實現蛋白源中抗營養因子的完全去除或變性失活，以提高蛋白源的利用率;繼續開發新型的和品質更加優良的蛋白源，并且不斷提高蛋白源及飼料的加工工藝；更重要的是，要把重點從單純提高替代量轉移到功能性飼料的開發上，包括保肝護腸、抗菌消炎、提高免疫力等，以提高水產動物的適應能力與品質。

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