光合細菌是一種以光作能源并以二氧化碳或小分子有機物作碳源，以硫化氫等
作供氫體，進行完全自養性或光能異養性生長但不產氧的一類微生物的總稱。在自然界中，光合細菌分布極廣，生命力極強。光合細菌無毒無害，蛋白質含量高達65%，且富含多種維生素、輔酶等生物活性物質和微量元素。在養殖水體及飼料中施加光合細菌能改善水質，減少耗氧，促進魚蝦生長，提高產量10%～30%，對推動健康養殖和發展無公害水產品生產具有重要意義。其使用方法如下：
一是適時使用。使用光合細菌的適宜水溫為15℃～40℃，最適水溫為28℃～36℃，因而宜掌握在水溫20℃以上時使用。注意陰雨天勿用。
二是與肥配用。在池塘施用糞肥或化肥時，配合施用光合細菌效果更為明顯。尤其可避免化肥用量過大、水質難以把握的缺點，并可防止藻類老化造成水質變壞。
三是視水質使用。要根據水質肥瘦情況使用光合細菌。水肥時施用光合細菌可促進有機污染物的轉化，避免有害物質積累，改善水體環境和培育天然餌料，保證水體溶氧；水瘦時首先施肥再使用光合細菌，這樣有利于保持光合細菌在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，酸性水體不利于光合細菌的生長，應先施用生石灰，調節pH值后再使用光合細菌。
四是酌量使用。光合細菌用于魚池水質凈化時，水溫20℃以上期間，每立方米水體用2～5克光合細菌拌粉碎的干肥泥均勻撒于魚池，以后每隔20天每立方米水體用1～2克光合細菌兌水全池潑灑。用于蝦池水質凈化時，水溫20℃以上期間，每立方米水體用5～10克光合細菌拌肥泥均勻撒于蝦池，以后每隔20天每立方米水體用2～10克光合細菌兌水全池潑灑。用于飼料添加投喂魚蝦時，以飼料投喂量的1%拌入，直接或加工后投喂（不受溫度或壓力影響）。用于疾病防治時，可連續定期使用，魚池每立方米水體用1～2毫升，蝦池每立方米水體用5～10毫升，兌水全池潑灑。
五是避免與消毒殺菌劑混施。光合細菌制劑是活體細菌，藥物對它有殺滅作用，不可與消毒殺菌劑同時使用。水體消毒后須經1周后方可使用，使光合細菌在水體中產生優勢競爭性，抑制有害菌生長