主要是從母體和環境中的微生物，出生三個小時就出現80%以上的菌種，到出生12個小時，結腸后段內容物的細菌數目就可以達到109CFU/g（109表示10的9次方，由于微信編輯器的限制，無法上角標，下同）。在出生建立的菌群中，由于厭氧菌的作用和乳中成分(乳糖，乳脂及免疫球蛋白的作用)，使得厭氧菌逐步成為優勢菌群。出生48小時，90%以上的菌種都是厭氧菌(Swords et al.,1993; Figure).
出生后第一周內，菌群中乳酸桿菌，鏈球菌成為優勢菌群，內容物會保持107-109CFU/g的數量。這樣的菌群優勢數量會一直在哺乳期保持 (Swords et al., 1993;Ewing and Cole, 1994).
第二階段：一周齡開始到整個哺乳期
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在哺乳的整個過程，由于有穩定的母乳的攝入，腸道的菌群保持相對的穩定(Drasar and Barrow,1985; Mathew et al., 1998).厭氧菌對需氧菌的排斥作用達到比較完全的程度。乳酸菌與鏈球菌由于適合母乳的底物，在菌群生態環境依然保持優勢地位。
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第三階段：斷奶階段
斷奶由于食欲下降，適應固體飼料的應激及離開母豬的環境應激，導致了腸道結構的不正常。同時，腸道的菌群也開始極不穩定。尤其是受采食減少的影響，細菌用于發酵的內容物減少，導致細菌所需養份的缺乏，在斷奶后的第一周，菌群的結構最不穩定，細菌的活力大大的降低(Wallgren and Melin, 2001)。細菌的活力需要二到三周的時間來恢復 (Jensen et al., 1998).
Swords等 (1993)認為由于固體飼料是的能量物質以碳水化合物主，相對母乳中能量以脂肪為主，這樣比較復雜的化合物組成成為菌群發生變化的關鍵因素。 一旦斷奶開始，菌群在數量與種類發生了重要的變化 (Mathew et al., 1996; Jensen,1998; Konstantinov et al., 2004a).