發酵床養護的目的主要是兩方面

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發酵床養護的目的主要是兩方面，一是保持發酵床正常微生態平衡，使有益微生物菌群始終處于優勢地位，抑制病原微生物的繁殖和病害的發生，為牛的生長發育提供健康的生態環境；二是確保發酵床對牛糞尿的消化分解能力始終維持在較高水平，同時為牛的生長提供一個舒適的環境。發酵床養護主要涉及到墊料的通透性管理、水分調節、墊料補充、疏糞管理、補菌、墊料更新等多個環節。
1、墊料通透性管理
長期保持墊料適當的通透性，即墊料中的含氧量始終維持在正常水平，是發酵床保持較高糞尿分解能力的關鍵因素之一，同時也是抑制病源微生物繁殖，減少疾病發生的重要手段。通常比較簡便的方式就是將墊料經常翻動，翻動深度25-35cm，通常可以結合疏糞或補水將墊料翻勻，另外每隔一段時間（50-60天）要徹底的將墊料翻動一次，并且要將墊料層上下混合均勻。
2、水分調節
由于發酵床中墊料水分的自然揮發，墊料水分含量會逐漸降低，但墊料水分降到一定水平后，微生物的繁殖就會受阻或者停止，定期或視墊料水分狀況適時的補充水分，是保持墊料微生物正常繁殖，維持墊料糞尿分解能力的另一關鍵因素，墊料合適的水分含量通常為38~45%，因季節或空氣濕度的不同而略有差異，常規補水方式可以采用加濕噴霧補水，也可結合補菌時補水。
3、疏糞管理
由于牛具有集中定點排泄糞尿的特性，所以發酵床上會出現糞尿分布不勻，糞尿集中的地方濕度大，消化分解速度慢，只有將糞尿分散布撒在墊料上（即疏糞管理），并與墊料混合均勻，才能保持發酵床水分的均勻一致，并能在較短的時間內將糞尿消化分解干凈。通常保育小牛可2-3天進行一次疏糞管理，中大牛應每1-2天進行一次疏糞管理。夏季每天都要進行糞便的掩埋，把新鮮的糞便掩埋到20厘米以下，避免生蠅蛆。牛糞若集中在一起的話要人工疏散，把糞便均與的散開在發酵床上面，埋入秸稈里面，最好每天清理一次，使糞便及時分解
4、補菌
定期補充如金益生菌液是維護發酵床正常微生態平衡，保持其糞尿持續分解能力的重要手段。補充如金益生菌最好做到每周一次，按1：50-100倍稀釋噴灑，一邊翻牛床20厘米一邊噴灑。補菌可結合水分調節和疏糞管理進行。
5、墊料補充與更新
發酵床在消化分解糞尿的同時，墊料也會逐步損耗，及時補充墊料是保持發酵床性能穩定的重要措施。通常墊料減少量達到10%后就要及時補充，補充的新料要與發酵床上的墊料混合均勻，并調節好水分。